>>499-500
>>499 は新バージョンが出た時に前バージョンの環境設定ファイル CCleaner.ini を
新バージョンにコピーせずに前バージョンをゴミ箱に入れてるものと思われ

>>501-503
デスクトップ/ポータブルはportable.datという名称のファイルの有無で判別し
ポータブルと判別した場合は環境設定メニューに一部制限がかかる仕様というだけなので
exeのみ差し替え/フォルダ毎上書きどちらも問題ない

ちなみにデスクトップ版でもportable.datというファイルを作成すれば
環境設定メニューがポータブル同様の制限がかけられる
(ノートパッドでファイル名：portable.dat 種類：全てのファイルで保存でOK)