namaroku.exeとnamarokuRecorder.exe は作者さんの意向で同じZIPファイルの中に入ってて、同じフォルダーで動作するようになってたけど、
ニコ生チェックツール(仮.exeとニコ生録画ツール(仮.exeは別のRARファイルの中に入ってて、基本的にはそれぞれ別のフォルダーで展開、動作する仕様です。

>>321で書いてるアップデートとはnamaroku.exeをチェックツール(仮.exeにアップデートする方法ではないので、namarokuのフォルダーはそのままにして
新たにチェックツールと録画ツールを別のフォルダーに解凍してそれぞれ設定することをお勧めします。

>namarokuのフォルダーにニコ生新配信録画ツール（仮.exeをnamarokuRecorder.exeとリネームして入れ直したらバージョンアップした記憶あるんだけど
ここや、ななしさんコミュでその方法を勧めてた人がいたけど、どちらのツール作者も想定していないやり方なので、たまたま動いたにすぎないです。
このやり方は忘れてください。
同様な理由で新配信録画ツール(仮とチェックツール（仮を同じフォルダーに混ぜるのもできたらやめた方がいいでしょう（動作はするかもしれないけど、アップデートが面倒)。