Mesen0.9.7使ってる人で、
ハイドライド3と貝獣物語の片方または両方を持っている人、
セーブできるか試してみてくれないか?
俺の設定がまずいのか、
その2つ(両方ともナムコだが何か関係があるのか?)はセーブできないんだ。

試してほしいこと:
 ゲーム内でセーブして、srmファイルがきちんと作成されるか
 セーブ後、Mesenを終了させ、再起動、セーブしたところから復帰できるか

設定>>設定>>詳細設定タブ
 初めからゲームを実行する
これのチェックがオフだと、srmファイルからロードせず、
ゲーム終了時に作成されたステートセーブのデータをロードするから、
セーブしたところから復帰はできる。
だから、これのチェックをオンにしてやってみてほしい。