ポータブル版アイコン変更
WaterfoxPortable\App\Waterfox\browser\chrome\icons\default
に好きなアイコンをコピーしてmain-window.icoにリネーム

他のウインドウも一斉に変えたいときは
−−バッチファイルここから
setlocal
set icon="(任意のアイコンファイル).ico"
copy /y %icon% main-window.ico
copy /y %icon% places.ico
copy /y %icon% downloadManager.ico
copy /y %icon% CookiesDialog.ico
copy /y %icon% PermissionsDialog.ico
copy /y %icon% SignonViewerDialog.ico
copy /y %icon% certmanager.ico
copy /y %icon% devicemanager.ico
endlocal
−−バッチファイルここまで
で複製したすべてのicoファイルを上記の場所に入れる

ショートカットは書き換わらないので、右クリック→プロパティでicoファイル指定