あくまで、自分環境の事を紹介したまで。他の人は正常に動作しているかもしれません。
マイクロソフトの標準セキュソフトがATOKの邪魔をしているのだろうと考えています。
他のPCは Kaspersky を入れているので、以下の具体例は経験していません。
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文字パレットや手書き文字入力などのツールが起動しなくなった
http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=056713