>>105
ポータブルモード可

エクスプローラの 新規作成 >> テキストファイル で
「portable_mode_enabled」っていう名前をつけた空ファイルをつくって
foobar2000フォルダに置けばレジストリへの干渉はなくなる
ポータブルモードになるとオプションのShell intgrationの一部がグレーアウトして
File associationが無効になる
ただしすでにレジストリに書き込まれた情報がなくなるわけではない

portable_mode_enabledさえ作っておけば
プログラム本体の更新は普通にインストーラを使ってもいいし（←インストール情報のレジストリだけは残る）
インストーラファイルfoobar2000_v1.4.x.exeを7zipなどで無理やり解凍して
中身のファイルをfoobar2000フォルダに上書きしてもいい（レジストリに一切残さない）

カスタムアイコンやUI Hackなどファイル／フォルダ参照をする設定項目をいじっているなら
相対パスに書き換える必要がでてくるかも
e.g.
c:\program files\foobar2000\icons\hoge.ico → .icons\\hoge.ico