自分ならpythonのpydubを使ってサクッと書いちまうところだが
そうでなきゃffmpegかsoxあたりでできると思うよ

ただ対象ファイルが200個くらいあるなら最低限バッチで回さないとキツイね
いずれにせよファイル変換が伴うならfoobar2000の出番ではなくスレチだろう

GUIツールはあまり興味がないので分からん
>>956のでいけるならそれで解決じゃん？
ffmpegにしろsoxにしろ勉強しておくと結構便利だよ