さきゅばすに比べて３倍ぐらい時間かかるけど、commeinだと絵文字や半透明文字やギフトやエモーションがcommeonと同じように表示されるからいいだろ。
作業ファイルの中のoutputフォルダーの中にコメントが合成された動画できてない？

絵文字はいらない、半透明はいらないしもっと早く合成したいとかであればさきゅばすの方がいいかも。
例えばニコ生のコメントをさきゅばすで表示できるように変換するツールって需要ありますかね？