NC15あたりから
https://github.com/nextcloud/server/issues/11127
と同じようにアイコンが透明になってしまう問題に悩んでた。結局のところ

apps
data
config.php

以外を最新のソースに入れ替えたら解決した。
NC12から連綿とアップグレードして使ってたが、どこかでうまくいってなかったのかもしれない。