サブディレクトリのこと?
SSLも含めてリバースプロキシじゃないと無理じゃないだろうか?

config apps dataとか環境依存で可変なデータはデータコンテナにするとかしないと
またトラブった時に復旧するのが大変だろうな。

そういうのが嫌なんで俺は普通に構築してる。