>>18 >>22
AviUtlでffmpeg/avconv出力(ffmpegOut)を使ってるだろ。まずそれを書かないと話にならねえよ。
ffmpegOutは「AviUtlからffmpegを利用して出力を行うプラグイン」。
ここは、ffmpeg自体を扱うスレなので、AviUtlの出力プラグインの話はスレ違い。

「x264 crf + nero」のプロファイルを使ってるんだろうが、
ログ見ればわかるとおり、残ってるm4aはneroが出力したm4aファイル。

　neroでm4a出力
　　↓
　-i 映像 -i nero.m4a -c:v libx264 -c:a copy 〜 で映像エンコと音声Muxしてmp4作成

という流れで処理が進む。
mp4作成後はm4aは消していいんだが、自動では消されないので手動で消すしかない。
音声の一時ファイルが残ってしまうのはffmpegOutの仕様なんで、おとなしく手動で消せ。