>>235
エラーの出ないピクセルフォーマットを指定すればいい。
例えば、よくあるのが -pix_fmt yuv420p か、yuv422pかな。

ただし、ffmpegでは、通常のJPEGではなく、動画としてのMJPEGに変換することになるので、
そのままでは、通常のJPEGに使えるyuv420pなんかの形式は使えず、
これを無視して yuvj420p（これが"deprecated"とされる）に変換されてしまう。

そこで、強制的にピクセルフォーマットを指定するために、
-strict experimental （または、-strict -2） をオプションで追加する必要がある。

毎秒1コマの場合（Windows）
ffmpeg -i inputFile.mp4 -pix_fmt yuv420p -strict experimental -q:v 0 -r 1 "outputFile_%02d.jpg"

ただ、画像フォーマットとしてみると、
警告を無視した場合であってもYCbCr 4:2:0 で変わらないようだから、
どちらでもいいと思うよ。