mp3 や m4a などからフォーマット変換なしに
アートワークを出力するオプションはありますか？

ffmpeg -i input.m4a cover.jpg
ffmpeg -i input.mp3 cover.png

などのようにやると埋め込み画像とフォーマットが異なる場合に
変換されてしまうので、これを避けたい

ちなみに出力時に拡張子は要りません
埋め込み画像データがバイナリファイルとして書き出せれば良いです

想像のコマンドオプションですが
ffmpeg -i input.mp3 -f ffimage cover.bin
みたいのをイメージしています。