もしかしてですがHDDごとバックアップする場合には詳細設定のイメージ作成モードにある
セクタ単位でバックアップする にチェックしないとダメですか？
詳細設定の横の除外タブに除外するファイル、フォルダが列挙されてますが
これらも含めて復元できないと問題が起きないかと気になりました