>>397 だが原因がわかった

拡張子が.tcとなるコンテナファイルに対しては、TrueCrype modeにチェックを入れてなくても
マウント時に勝手にチェックが入る（>>397で書いた通り）

拡張子無しや.hcとなるコンテナファイルに対しては、TrueCrypt modeに入れたチェックに従う

というわけで、>>397はコンテナファイルの拡張子が.tcであった為だった（中身はVeraCryptファイル）

Update4の頃は勝手にチェックが入ることはなかったんだが、それ以降に仕様を変更したようだ