レジストリを変更するといいみたいですよ

1. レジストリエディタを起動し、HKEY_CURRENT_USER\Software を開く。
2.「Software」の上で右クリックし、[新規]-[キー] を選択。名前を「Dolphin Emulator」に変更する。
3.「Dolphin Emulator」の上で右クリックし、[新規]-[文字列値] を選択。名前を「UserConfigPath」に変更する。
4.「UserConfigPath」をダブルクリックして編集ウィンドウを開き、[値のデータ]欄に変更先のパスを入力する。
　注意点としては、そのパス自体がルートになるので、変更先に適当な名前のフォルダを作りそこのパスを指定した方がよい。
　例えばパスとして「C:\」を指定してしまうと、「C:\User\Cache」「C:\User\Config」…とはならず、「C:\Cache」「C:\Config」フォルダが作られてしまう。