もう何度書いたか忘れたけど
manually sort folderのオプションウィンドウは、メニューバーのツールにある「フォルダの並べ替え」

ちなみに、起動時に開くフォルダの設定機能は効いてないようで
最後に閉じたときに選択されてたフォルダが維持されるようだ