keymappingとかgestureとかusercommandとか、制作側で更新される可能性の高いファイルは
user_keymappingみたいな感じでユーザー作成の設定ファイルと分けて読み込むのはどうでしょうか
同じ項目があったらユーザーの方で上書きする感じで