動画のロゴをカットしつつCMは残してCM部分にロゴが付与されないようにしたいんですが
どう操作すればいいんでしょうか?

拡張編集で動画を2枚重ねるのはインターレース解除等のフィルタも2つ掛ける事になるので何か違う気がして
またMPEG-PS+mp3にしてしまった動画なのでTS専用の諸々のツールを使うのも無理です