その状態でAutoHotkey.ahkを動かす分にはいける
[AutoHotkey.ahk]
AAA := "aaAAaa"
a1::Return
a2::Return
b::MsgBox, % AAA
Return
includeは全てAutoHotkey.ahkとして展開されるので↑と同義になるから

ただしaとbのincludeを逆にしたらautoexrcuteが働かない
includeの位置は要注意
[AutoHotkey.ahk]
b::MsgBox, % AAA
AAA := "aaAAaa"
a1::Return
a2::Return
Return

あと当然だが a.ahk / b.ahk を単体起動した時はAutoHotkey.ahkから起動した時のようには動作しない