検証用に数行だけ書いたスクリプトでやってみてもダメなので#If系は関係なさそうです
一応、JoyToKeyは正常に反応するので、

ジョイパット操作をJoyToKeyで受ける→JoyToKeyが出力したキー操作をAutoHotkeyで処理する

ということは出来そう
ただ、書き直しが面倒なうえに処理がややこしいので、できれば避けたい