>>844
>>840の指摘と関連するが、Program Files内にインストールすると問題の切り分けに時間がかかりそうだから
バックアップ取っていったんアンインストールして、zip版使ってどうなるか確認してみたら?
自分はずっとzip版だし、AutoHotKey.ahkのショートカットをスタートアップに放り込んで問題なく起動する