まずは#Ifとホットキーのヘルプ読んできて
http://ahkwiki.net/-If
http://ahkwiki.net/Hotkeys

>988ではトグルの +F12::を#If の外に置いてるからShift+F12でメッセージ表示したいならこう
#If
+F12::
isUsKeyboard := !isUsKeyboard
msgbox,% "isUsKeyboard : " isUsKeyboard
Return

USとJPそれぞれの#If範囲内の挙動を確認したいなら>986のようにホットキー作って
#If (!isUsKeyboard)
0::Msgbox, JP
#If (isUsKeyboard)
0::Msgbox, US

Includeでファイル分けるかは好み（やってることは>986も>988も同じ）
LAlt or 無変換 のカーソル移動は面倒なことになりそうな予感