結局、Windows Denfenderが原因でした
Mery.exe本体ではなく、DLLロードでDenfenderのタイムアウト待ちになっているようです
(いわゆる誤作動)

修正後は初回から0.2秒で起動します
Meryのソースが公開されていれば、もっと早く確認できたんですが・・

>>116-117
ディスクからの読み込み量が多いソフトはその通りですが、
うちの環境だとMery起動のディスク読み出しは50ms程度なので
誤差範囲ですね