>>33
ありがとうございます。

私が勘違いしていて、結局ファイルが破損？インデックスが破損？していたみたいで、以下のコマンドでシークできるようになりました。
コマンドの内容は分かってないですが、再エンコード無しで上手くいっているようです。
ご迷惑をお掛けしました。

-- repair.bat --
ffmpeg -i %1 -c copy -f hls -hls_time 2 -hls_playlist_type vod -hls_segment_filename "video%%5d.ts" video.m3u8
ffmpeg -i video.m3u8 -movflags faststart -c copy -bsf:a aac_adtstoasc "S:\STREAM\%~n1.mp4"