すみません、もう一つお聞きしたいのですが
”ffmpeg -i ファイル名.webm output.mp4”の工程を
batファイルを作ってファイルをD&Dすることで変換出来ないでしょうか？

646のbatファイルは無変換のため、コーデックがmp4用になってないためです。