オーバーレイ関係のアドオンが不安定ですね
環境によるのかも知れませんが、自分の環境(Windows 10 Pro 1909、アンチウイルスソフトはWindows Defenderのみ)で素のTE64 20.12.28、Trident版にて、「アイコンオーバーレイ」と「存在しない項目のオーバーレイアイコン」のみ追加した状態で検証

「アイコンオーバーレイ」を入れていると、コンテキストで設定したファイルの操作（任意のプログラムで開いたり、自分で設定したフォルダへのファイル移動など）を行うと、TEが数十秒以上フリーズすることを確認
例）コンテキストでタイプ「選択項目」、オプションに日頃使用しているメディアプレイヤー(MPC)を指定し、音声ファイルを設定したコンテキストメニューから再生するとフリーズ
上記は「アイコンオーバーレイ」をオフにすると解消

「存在しない項目のオーバーレイアイコン」を入れていると、TEの最小化や再表示の際、警告音（Windows Background）が鳴り、最小化や再表示が出来ない(>>544さんが書いている現象ですね）
上記は「存在しない項目のオーバーレイアイコン」をオフにすると解消

とりあえず報告だけさせて頂きました