何度も申し訳無い。
カット＆結合したところを含まずに部分出力すれば正しい動画が出来上がるけれども、
カット＆結合したところを含んだところを出力すれば、カットして結合した部分が何度も同じ開始位置が使われたりして、
動画の後ろが途切れて終了してしまう。
出力が終わると、各カットした部分の開始位置がおかしいまま編集画面に戻ってしまうという状況です。
なので、aupファイルに問題は無いので開き直せば出力前は正常な状態に戻ります。

という状況でした。
動画の分割＆カット＆引き寄せて結合するところに何か問題がありそうな感じです。