>>758
パッドを一つだけを差して
ボタン割り当てを設定した後、その設定画面内にある"コントローラのプロファイルを保存"というのを押して
同じ画面上にある"初期設定に戻す"を押す
もう一つのパッドだけをPCに差して同じ事をする
設定→入力→"自動設定を有効"をオン

ホットキーはこれでは対処できない
パッド別に設定ファイルを作って起動する時にそれぞれを読み込ませて対処するか
コアやゲームで使用するパッドが決まっているのなら
"オーバーライド"で設定出来る