Windows2000が出たとき、HDDのライトキャッシュがディスクに書き込まれる前にリブートするせいでファイルが消えた状態になってた。
Windows98も同じ時期だから同じバグがあるのかも。
セットアップが終わった時、再起動ボタン押してます？
あれ、押したらダメなんですよ。