書き忘れましたが、開くことすらできなくなってたメインフォルダとその階層のフォルダ･ファイルは
クローンHDDの方では概ね読み込めるようになっており、大半のファイルはサルベージできました。
ただ、クローンHDDからさらに別の新しいHDDにファイルをコピーしていたところ読み取り不可の破損ファイルも結構あり、これらをどうにかサルベージできないものかと思案しているところです。