>>387さん
>smart異常なしの新品HDDなのに異常
～略～
>コピーされてるって認識でいいんですかね？
どのような手順、環境、機材でクローン化を行ったのか当方ではわからない為何とも言えませんが、状況から察するに丸ごとコピー出来ている状況かと思います

>チェックディスクか復元ソフトでの
>ファイル復元が先なのか
私の少ない経験からいうと、復元ソフトから行う必要があると考えます

復元ソフトでは、HDD環境の異常な状態からファイルを復帰させる事を想定している訳ですが(当たり前ですが)、チェックディスク(具体的指定がないので、Windowsのchkdskコマンドと仮にします)ではディスクの構成を診るのであって、ファイルに着目したコマンドではないと思っています(私見)
このニュアンスを伝えるのが難しいのですが、chkdskの場合、その結果としてファイルが復旧「できた」のであって、特定のフォルダを救うという目的に於いては、復元ソフトの方が適切だと考えています
また、chkdskコマンドを実施すると、大分ファイル構造(インデックス情報とでもいえば良いのでしょうか？)が、改変される事が多く、その後に復元ソフトを使用しても、良い結果が得られないケースがありますので、この観点から復元ソフトから作業を行い、どうにもならない場合、最後にchkdskを実施してみる感じで私ならば作業します
chkdsk後復元ソフト使用しダメだった場合、chkdsk前に戻すには実質的に再度元ドライブのクローン化から始めないとならない為、実施には慎重であった方がよいでしょう

>物理的には正常なHDDなのにチェック
>ディスクかけたらどうなるんでしょう？
>エラー吐いてるセクタは使われなく
>なるのでしょうか？
これは元ドライブの不良セクタ部分に発生したチェックディスクのフラグが、そのままクローン化したHDDにコピーされているだけだと思いますので、それこそchkdskコマンドで修復出来そうな気がします
ソフト的な問題であり、物理的には問題ない状態かと。最悪、データバックアップ後、フォーマットし直せばなおります