出先からで状況を詳しく書けなかったので、追記で詳細を…。
aviutlはVer1.1.0で、x264は.r2409_win64、NeroAACCodecは1.5.4。
普段はキャプチャーソフトで録画したmp4を拡張編集で編集(フェードでの繋ぎ、カットくらい)して、
動画ファイルの音声と併せて、効果音やBGMを手持ちのwavファイルからちょこちょこ入れているくらいです。

今まではそれで何の問題も無かったのですが、今回初めて>>714で書いた不具合が発生。
初めて使ったエフェクトがあったので、それが何らかの原因かと思っていたんですが…。
今までバッチ出力してエンコードが終わり次第シャットダウンしていて気付かなかったのですが、このエラーログが出てました。
https://i.imgur.com/6SXas2j.png
どうやらエフェクトは関係無さそうで、wavが読み込めてないのか開けていないのか…という感じだと思うのですが、
拡張編集上はしっかり定義されていて、プレビューの再生では音も何の問題も無く全て流れています。
動画ファイルと分割して出力されたtmp.wavを開いてみると、全ての音声がちゃんと含まれて流れていました。
ちなみに、動画ファイルの方のmp4も、映像には何の問題もありませんでした。

これは一体何が考えられて、どうすれば回避出来るのでしょうか?
全ての音声ファイルを再定義したり、NeroAACCodecを再インストールしたりはしてみたものの解決せず。
エフェクトの部分を消したら問題無くエンコード出来たものの、上記からその点は関係無さそうですし…。
その部分の音声ファイルが何かしら悪さをしているような気がするのですが、
音声ファイルは普段の作成方法と何も変えていないので、問題無いはず。
これで2日潰れてしまって、ほとほと参っています…どなたか助言頂けないでしょうか。

長文すみません。