ZIPを解凍して、中にある
Jane2ch.exe
JaneStyle.chm
JaneStyle.txt
の3つを、JaneStyleをインストールしているフォルダにコピーして上書きする
これでアップデート完了

ちなみにJane2ch.exeは新バージョンで上書きする前にコピーを取っておいた方がいい