再インストールでも直らないなら、FLACをmp3などの非可逆圧縮形式に変換して再生。
また、foobarの設定でバッファサイズを大きくする（WMPでも音飛びするなら望みは薄いが）
これでも音飛びするならDACチップの故障だろう。マザーボードを交換するしかないと思う。