>>65
foobar2000を実行するときに

start foobar2000.exe

とやれば、プレイヤーが閉じてなくとも次のファイルを処理させることができるよ

foobar2000を止めるところまでやりたいのなら、PowerShellを使い、
foobar2000.exeプロセスを監視→終わるまで待つ、なんてループを挟むしかないかなと