appsフォルダにencryiptionを入れるとログイン後内部エラーが出るようになってしまいました。
※元々サーバサイド暗号化はかけていませんでした。
encryptionフォルダを抜いてNCに管理者でログインし、
encryptionフォルダをappsに入れて設定をみて見ると、

デフォルトの暗号化モジュール
暗号化アプリは有効ですが、あなたの暗号化キーは初期化されていません。ログアウトした後に、再度ログインしてください

となります。
外部から強制的に暗号化キーを初期化する方法はあるのでしょうか?