>>750
アプリによっては、同じファイルに上書きするものと、
現在開いているファイルを名前を変えるなどして退避させバックアップとし、
同名の別ファイルとして新規に保存し直すものがありますが、
そのアプリの場合はどうなのでしょう。

カラーラベルなんかは色を付けている項目を別の場所に移すと色が消え、戻すと復活するのでおそらくパス管理。
ラベルは場所を移動させてもラベルは付いたままなので、たぶんファイルIDやi-node番号的なもので管理されてると思う。
エクスプローラ間でファイル移動してもTEでラベルは付いたままだし。

ID的なもので管理している場合、パスや名前が同じでも、新規に作られたファイルはIDが異なるので別扱いになることがある。
(逆に言うと、パスや名前を変えてもIDが同じなら同じファイルとして扱ってくれることもある)

もしかしたら移動を検知して自動でラベルを付け直してるのかも知れないけど。
TE内でボリューム間で移動させてもラベルが追従してるので、付け直してる可能性もあるか。
(ボリューム間の移動は内部的にはコピー&削除なのでIDは当然変わる)
同じことをエクスプローラでやるとラベルは消える。ここまでは検知できないのか。