>>379

具体的な情報が不足だ。
そのアカウントは POP か？ それとも IMAP か？
そのアカウントのメールサービスはどこだ？
Thunderbird のメッセージフィルタで「通販」と「仕事」に「コピー」しているのか？
それとも「移動」させているのか？

おそらく Gmail (IMAP)と推察するが。

>「すべてのメール」「重要」にメールが入っているようで気持ち悪いです

Gmail ならば「すべてのメール」に文字どおりすべてのメールがある。
但し、「ゴミ箱」に入ったメールは除外される。
メッセージに「重要」タグが付けられていれば当然「重要」に入る。
それが Gmail の仕様だ。

Gmail はメッセージにラベルを付けて管理しているのでそうなる。
それを Thunderbird で同期しているからメッセージフィルタで振り分けてもGmail 上の「すべてのメール」と「重要」フォルダ（ラベル）のままなら同期したらそのままそこにある。

ラベルを作成して Gmail を整理する - パソコン - Gmail ヘルプ
https://support.google.com/mail/answer/118708?hl=ja&;ref_topic=3394219
>これらのフォルダの中にメールを入れないようにするにはどうすればいいでしょう？

Gmail ならばラベルを変更すればいい。
具体的には Thunderbird のメッセージフィルタで別のフォルダ（ラベル）に「移動」にするか、手動操作で「移動」にすればいい。
「重要」はそのタグを同様に解除すればいい。
但し、「すべてのメール」からは変更はできない。