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ポップアップが強制左端ってのは、どっちだろ。
ポップアップだけ強制左端にしたいって意味なのか、強制左端で開いてしまうって意味なのか。

一応、うちで使ってるTab Position Optionsの設定では――、

New Tabが、Always lastで、New Tab Backgroundはチェックなし。
Activate Tab After Tab Closingが、In activated order。
Tab on Activateが、Default。
Open pop-up window as new tabは、チェックあり。

あとは、ここ最近のChromeのVerUpでOnetabで格納した時に別のchrome窓があればリストをそっちで展開するんだけど(しなくてもいいのに…)、それが右端に来るようになってたんで、Loading Pageのとこでリスト一覧ページのURL追加でAlways firstにして左端にくるように戻した程度(ここが強制左端の例外設定だけど、ポップアップ系は出来ないみたいね)。

これでポップアップ含む全ての新タブを、常に右端で開くようにしてる。
閉じたときは一つ前にアクティブだったタブに戻る。

確かにポップアップ系はアクティブ化しないけど、逆に言えばノンアクティブなら各種ブロックをすり抜けたポップアップだって気づけるともいえる。
ついでに、普段あとで読むとかで新タブをノンアクティブで開きたいとき用に、マウスアクション系アドオン(リンクを右ドラッグ↓操作でバックグラウンドで開く)と併用して使い分けてるから、あまり気にしてなかったなぁ。

Open pop-up window as new tabのチェック外してポップアップさせるか、何がなんでもポップアップをアクティブなタブで開いきたいなら、併用・代替できる他のアドオンを探す旅にでるしかないかと…。
タブ操作系アドオンの他だと、上記したマウスアクション系アドオンとかも候補だけど、使ってるGestures for Google Chromeのリンク系挙動ではそもそもポップアップは開くことができなかった(んで、有り難いともいえるんだけど)。