>>292
autolink.jsの書き換えで一応は対処できる(はず)。
プラグイン作者さんの旧blogから転載。動作未確認。

変更前 145行目〜
incidx += spRes2.length - spRes.length;
es[0].indices[0] += incidx;
es[0].indices[1] += incidx;
変更後
var diff = spRes2.length - spRes.length;
incidx += diff;
es[0].indices[0] += diff;
es[0].indices[1] += diff;