原盤を最も正確にイメージ化したものがRedump形式(bin+cue)なので、
とにかくこれをキープした上でISOなりCHDなり、自分のお好みに変換すればいい。
後日、ISOやCHDが嫌いになったとしても、Redump形式さえキープしておけば後はどうとでもなる。