Just Systemに問い合わせた
単語ファイルの文字コードに関する情報がfaq、ヘルプに記載がなく申し訳ない
ATOKの辞書ユーティリティで扱えるUnicodeテキストはUTF-16のみでUTF-8は未対応
faqに関しては今後の更新時に対応を検討
ヘルプに関しては関係部門に報告した