とりあえずさっきペガシスに以下の問い合わせをしました。

『サポート終了製品につきましては、お問い合わせをいただきましても、回答をお断りさせていただいております。』とありますが、あえて上記製品のお問い合わせをさせていただきます。
TMPGEnc MPEG Smart Renderer 5 ユーザー掲示版に本日(8/23)付けの投稿が多数ありましたが、私も昨日(8/22)まで問題なく使用できていたMSR5が本日いきなり”実行ファイルがオリジナルから変更されています(0)"のメッセージが出て起動できませんでした。
うがった見方になりますが、MSR6への誘導を疑ってしまいます。
要ライセンスではあるものの購入ソフトが使用できなくなるのは普通考えられないと思いますが早急な復旧を要求（要望ではない）します。