更新時にファイルが壊れた場合のリカバリー手順として、公式のフォーラムで教えてもらったことあるのが↓

もしインストールディレクトリにJDownloader.jar.backupができてれば、それをJDownloader.jarにリネーム
Core.jar、tmpフォルダ、updateフォルダ、logフォルダを削除してJD2を再起動

だいぶ昔の話だけど、自分の場合はそれでうまくいったよ

既にフォルダ毎ファイルを削除してしまっている場合は再インストールするしかないので、アドウェアがバンドルされてないやつを再インストールするしかないんじゃないかな
https://jdownloader.org/jdownloader2