バックアップ、クラウドへの同期、NASへのファイルコピーなどを行うのにでかいコンテナファイルは不向きだと思うので、しょっちゅう書き換えるならEncfsmpがいいんじゃないかと。
ファイルの一部変更された部分だけを上書きできる方法ならVeracryptでもいいんだけど。
自分はVeracryptは滅多に書き換えない物の保管用と思ってる。