PC-98エミュってだいたいがファイルシステムごとエミュレートして、98用ソフトのファイル郡をまとめてイメージ化して実行する仕組みなんでしょ？
BASIC環境から動かすソフトならともかく、MS-DOSのソフトならそんな面倒な仕組みじゃなくて、
Windows上の特定フォルダに98ソフトのファイルをそのまま置いた上で、エミュ内でのルートに相当するパスを指定して実行するだけというエミュはないの？
ソフトがハードを叩くレベルで直接ファイル操作とかしてなければ(FDDとHDDの違いをソフトが意識してなければ)それでもいいと思うんだけど。
WindowsのファイルシステムはMS-DOSの延長で、ファイルを読み書きするだけなら互換性があるものなんだし。
ドライブさえ対応してれば、PC-98のDOS形式のFD(1.25MB)を今のWindowsでそのまま読めるんだから。
問題なのは実行ファイルの動作だけで。

昔、PC-98で利用してた同人ソフトがFD内容をHDDに丸ごとコピー(バックアップ)した形でいくつか残ってて、
処分する前にとりあえず画像を確認と、いい画像なら変換して保存したいくらいの目的なんだけど。
基本的にゲームですらない、特殊フォーマットの画像データとそれ専用のビューアからなる画集ソフトで、画像が表示できればそれでいい。