だいたい原因は分かってきた。
まず、PC-98実機の1MB/640KB両用の内蔵フロッピーディスクドライブは2HDで起動すると、
フロッピーI/Fが1MBモードになり、2DDで起動すると640KBモードになる。
また実機の本体内蔵の1MB/640KB両用のフロッピーディスクドライブでは
640KBモードでも2HDは読み書きブートできる。（但し外付けの場合は1MB/640KB両用ドライブ
では2DDブートの為信号線が足りないので一般的に2DDブートが不可。）
（また、3モードドライブで640KBモードの場合は2HD1.44MB(300rpm)には仕様上アクセス不可。）
NP2系とT98-Nextは640KBモードの場合、2HDにアクセスできない。
Anex86は640KBモードがまともに動かず、事実上1MBモード固定にしておかないとフロッピーが使えない。
事実上常に1MBモードだから問題が発生しない。
Virtual98は一見640KBモードでも2HDにアクセスできるように見えるが罠がある。
640KBモードでFDD2は2HDを読めるが、FDD1は2HDが読めない！！
MS-DOS7.xは、自分がどうゆうタイプのフォーマットからブートされたか調べる処理がある。
(たぶんIPLのあたり)普通はすんなり行くが、なぜかFDD1から2DD/9(720KB)する時は
2HDアクセスを試みる。このときエミュレーターが640KBモードで2HDアクセスに対応していないと
ブートに失敗する。
(EPSON版MS-DOSはFDD1でも2DD/9(720KB)のブートは可能。但し話を掘り下げると
MS-DOS7.xとEPSON版MS-DOSは2D(320KB)及び2D/9(360KB)でブートが可能であるが、
この場合もFDD1の場合は2HDアクセスを試みるので同様の問題が発生します。
(↑こんなブートディスク作る人なんてまずいないと思われるが...)