あらかじめオートコピーを仕込んでおいて、クリップボード関連のツールを利用して
バッチファイルやシェルスクリプトで、アプリの必要に応じで、環境変数やテンポラリファイルを用意すれば良いのでは
例えば

Windowsでは
for /F "usebackq" %%s in (`pclip.exe`) do set SELECTED=%%s
echo %SELECTED%

set TMPFILE=c:\tmp\cb%RANDOM%.txt <
clppst.exe /w %TMPFILE%
type %TMPFILE%

Linuxでは
SELECTED=$(xsel --clipboard --output)
echo $SELECTED

TMPFILE=~/tmp/cb$RANDOM.txt
xsel > $TMPFILE
cat $TMPFILE