あるソフト（実行ファイル名をfoo.exeとします）のショートカットを殺しつつ、日本語文字入力中のショートカットは殺したくないのですが、なにか上手くやる方法はあるでしょうか？

例えば、foo.exeのショートカットキーCtrl+Uを無効にしつつ、
foo.exe内のテキストボックスで日本語入力をしているときにはIMEのCtrl+Uの機能を有効のままにしたい、
という感じです